1. HER2
9%至27%的胃腺癌和胃食管交界处腺癌存在HER2扩增和/或过表达。它在肠型肿瘤中的发生率高于弥漫型肿瘤，在高分化至中分化肿瘤中的发生率高于低分化肿瘤。通过对活检或切除标本进行免疫组化检测，检测胃腺癌和胃食管交界处腺癌中的HER2已成为病理学家的常规操作。
目前的指南建议使用曲妥珠单抗治疗 HER2 评分为 3+ 或 2+ 且原位杂交 (ISH) 证实 HER2 扩增的肿瘤。不建议将曲妥珠单抗用于 0 或 1+ 的肿瘤。因此，应使用免疫组化方法对 2+ 的肿瘤进行荧光原位杂交 (FISH) 或其他原位杂交 (ISH) 检测，尽管部分机构可对所有病例常规进行免疫组化和 FISH 检测。进行原位杂交 (ISH) 时，评估 HER2 免疫反应区域的信号非常重要。
2. 麻疹、腮腺炎和风疹块
错配修复（MMR）是一种将含有错配碱基的DNA分子中的核苷酸序列恢复正常的修复方式。MMR系统在参与DNA修复时会涉及多种错配修复蛋白，其中MLH1、MSH2、MSH6、PMS2是MMR中的主要蛋白。
免疫组化（IHC法）是相关指南推荐的MMR检测方法。
肿瘤样本中所有四种 MMR 蛋白均呈阳性表达，则视为完全错配修复 (pMMR)；任何一种 MMR 蛋白的缺失则视为错配修复缺陷 (dMMR)。IHC 检测结果可提示后续 MMR 基因突变的检测情况。
MMR检测对于结直肠癌、胃癌、子宫内膜癌等多种肿瘤的预测、预后和治疗，以及林奇综合征的诊断具有重要意义。
3. CK7 和 CK20
CK7和CK20属于细胞角蛋白（CK）家族，主要用于上皮组织和上皮来源肿瘤的诊断和鉴别诊断。CK7被认为是腺癌和转移性上皮细胞癌的特异性标志物，可用于肾细胞癌、烟熏细胞癌和嗜酸性细胞癌的鉴别诊断。CK20的表达在原发癌灶和淋巴结转移之间具有一致性，这对于判断小细胞肿瘤的起源具有重要意义。CK20、CK7和绒毛蛋白（Villin）的组合已被用作癌症原发部位的指标。CK20和CK7可作为癌症原发部位的标志物。CK20也可作为癌症原发部位的指标。
CK7 和 CK20 的差异表达模式常用于检查原发灶不明的腺癌。在结直肠癌中，CK20 阳性通常呈弥漫性，而 CK7 免疫反应性（即使存在）通常呈局灶性或斑片状。结直肠癌中的 CK7 表达也可能低于正常表达 CK7 的非结直肠腺癌。大多数胃食管腺癌和胰胆管腺癌为 CK7+/CK20-，但少数病例为 CK7+/CK20+，甚至为 CK7-/CK20+。肛门腺癌在组织学上可能与直肠腺癌混淆，后者通常也为 CK7+/CK20-。肿瘤也为 CDX2 阴性，并且可能不表达 p63 和 CK5/6 蛋白。
4. 德斯敏
结蛋白是一种分子量为53 kDa的中间丝蛋白，主要存在于心脏、平滑肌和横纹肌细胞中。上述细胞来源的良性和恶性肿瘤均对结蛋白呈阳性反应。该蛋白主要用于子宫、皮肤和胃肠道平滑肌肿瘤、横纹肌肉瘤和肌上皮肿瘤的诊断和鉴别诊断。
胃肠道平滑肌肉瘤的报道显示，33% 至 100% 的病例中结蛋白呈阳性；与 SMA 类似，阳性程度与肿瘤分级相关，分级较高的平滑肌肉瘤阳性率较低。此外，关于平滑肌肉瘤免疫表型的研究很少，这解释了结蛋白表达的巨大差异。同样值得注意的是，一些被认为是结蛋白阳性的病例仅 5% 至 10% 的肿瘤细胞出现局灶性染色；这对于针吸活检或小样本来说可能存在问题，因为它们可能无法代表整个病变。
尽管结蛋白是肌源性分化的敏感标志物，但它也可能在具有肌成纤维细胞分化的肿瘤（例如纤维瘤性病变）中呈阳性表达。据报道，高达 5% 的纤维瘤样纤维性肿瘤呈结蛋白阳性。此外，约 5% 至 10% 的胃肠道间质瘤 (GIST) 中结蛋白呈阳性。然而，上皮样细胞肿瘤 (10%) 的阳性率高于梭形细胞肿瘤 (2.5%)。值得注意的是，其他平滑肌分化标志物，例如 h-钙调蛋白 (h-caldesmon)，在 GIST 中通常呈阳性。
